Les clubs-conseils en agroenvironnement (CCAE) sont financés par les exploitations agricoles accompagnées. Ils sont également financés grâce à l'Entente pour le financement des clubs-conseils en agroenvironnement et la planification agroenvironnementale à la ferme intervenue entre Agriculture et Agroalimentaire Canada (AAC), dont les fonds sont gérés par le Conseil pour le développement de l'agriculture du Québec (CDAQ), et le ministère de l'Agriculture, des Pêcheries et de l'Alimentation du Québec (MAPAQ).